Na odeljenju  za multiplu sklerozu i druge autoimmune bolesti centralnog nervnog sistema se kontinuirano, pored zdravstvene i nastavne delatnosti, odvija i naučno-istraživački rad.

Istraživanja se sprovode dominantno u oblasti neuroepidemiologije, neuroimunologije i neuroradiologije multiple skleroze. U istraživačkoj delatnosti odeljenje ostvaruje saradnju, ne samo sa drugim istraživačkim institucijama u zemlji, već  i u inostranstvu (Norveška, Italija, Nemačka, Austrija...).

Rezultati dosadašnjih israživanja su prezentovani na velikom broju stručnih skupova u zemlji i inostranstvu i publikovani u velikom broju domaćih i stranih stručnih i naučnih časopisa.